کلینیک مشاوره یکی از رویدادهای مهم همایش کشوری آموزش علوم پزشکی است که امکان ارایه مشاوره تخصصی در ارتباط با سوالات و مشکلات مراجعه کنندگان توسط فرد یا افراد متبحر در حیطه مورد نظر فراهم می­ شود. خواهشمند است به منظور استفاده حداکثری از ظرفیت شرکت در جلسات کلینیک مشاوره، به موارد زیر توجه کنید:
1.    لازم است حداقل 15 دقیقه قبل از شروع کلینیک مشاوره، استاد/استادان مشاور و هماهنگ کننده برنامه در محل حضور داشته باشند تا از فراهم بودن شرایط مورد نظر خود، کسب آمادگی های لازم، هماهنگی با همکاران دبیرخانه همایش و شروع به موقع کلینیک اطمینان حاصل شود.
2. زمان کلی جلسه کلینیک مشاوره 90 تا 105 دقیقه می­باشد. در ابتدا هماهنگ کننده جلسه در مدت زمان 5 دقیقه به معرفی استاد/استادان و مطرح کردن عنوان جلسه و قوانین برنامه می­ پردازد. سپس استاد مربوطه در مدت زمان 10  الی 15 دقیقه توضیحات کلی در رابطه با موضوع جلسه ارائه می نماید و پس از آن به سوالات پاسخ داده می­ شود. توجه به این نکته ضروری است که جلسه کلینیک مشاوره به جلسه سخنرانی تبدیل نشود.
3.  به منظور ايجاد فرصت براي تعداد بيشتري از شركت كنندگان و بهره مندي حداكثري از راهنمايي­ هاي ارزشمند استادان، پيشنهاد مي­شود استادان محترم حتي الامكان خلاصه و مفيد راهنمايي فرمايند.
4. طبیعی است اگر پرسشی از بین حضار وجود نداشته باشد استاد/استادان مشاور می­تواند با مطرح کردن پرسش، فضای تبادل نظر را فراهم کند.
5. تأكيد مي ­گردد به منظور فرصت سازی برای همه شرکت کنندگان، زمان پرسش و پاسخ براي هر سوال يا مشاوره از 10 دقيقه فراتر نرود.
6. انتظار می­رود تا کلینیک رأس ساعت مقرر شروع و رأس زمان تعیین شده پایان یابد.
7. توزیع و جمع آوری فرم­ های ارزشیابی از کلینیک مشاوره در انتهای جلسه توسط هماهنگ کننده جلسه انجام خواهد شد.