بعد از تشکیل وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی از سال 1364، مرکز توسعه آموزش با هدف تربیت نیروی انسانی و اعضای هیات علمی توانمند در آموزش از سال 1368 در این وزارت راه اندازی شد که با برگزاری کارگاه‌های آموزشی در زمینه های مختلف، انتشار کتب و پمفلت در حوزه آموزش پزشکی سعی در ارتقای کیفیت آموزش داشته است.

مرکز توسعه آموزش در سال 1372 با مرکز مطالعات و برنامه ریزی آموزشی ادغام شد و مرکز جدید با نام مرکز مطالعات و توسعه آموزش پزشکی با مسئولیت سیاستگذاری، برنامه ریزی، هماهنگی، نظارت و ارزیابی فعالیت‌های آموزشی شکل گرفت. در همین راستا مراکز مطالعات و توسعه آموزش دانشگاه‌های علوم پزشکی و بعد از آن دفاتر توسعه آموزش در دانشکده ها و بیمارستان های آموزشی شکل گرفت.
یکی از اقدامات مهم مرکز مطالعات و توسعه آموزش علوم پزشکی بلافاصله پس از شکل گیری، برگزاری اولین همایش کشوری آموزش پزشکی در سال 1373 بوده است که با هدف معرفی، تبیین نقش و جایگاه علم تعلیم و تربیت در تامین، حفظ و ارتقای کیفیت آموزش بوده است.
تاکنون 24 دوره همایش کشوری آموزش علوم پزشکی برگزار شده است که در برخی از این دوره ها معاونت آموزشی وزارت بهداشت با همکاری یکی از دانشگاه های علوم پزشکی مجری و برگزار کننده این همایش بوده اند. در بیست و پنجمین دوره این همایش که در اردیبهشت 1403 برگزار خواهد شد، به عنوان اولین تجربه کار تیمی و نیز بهره‌گیری از ظرفیت های دانشگاه‌هایی که در تهران مستقر نیستند مقرر شد که به جای یک دانشگاه‌، یک کلان منطقه به عنوان همکار در برگزاری این همایش انتخاب شود. لذا بر اساس اعلام آمادگی و پتانسیل ‌های دانشگاه‌های کلان منطقه 1، این کلان منطقه به عنوان همکار مرکز مطالعات و توسعه آموزش علوم پزشکی در همایش 25 انتخاب گردید که هرکدام از دانشگاه‌های این کلان منطقه مسئولیت بخشی از فرایند همایش را به عهده دارند.